Il semblerait bien que nous assistions à la naissance d’une nouvelle tradition dans les événements scientifiques annuels : pour la troisième année consécutive, des équipes françaises de jeunes scientifiques ont participé à la compétition internationale de biologie synthétique iGEM (International Genetically Engineered Machine Competition), et Médecine/Sciences, comme les années précédentes¹, dédie un article aux travaux extraordinaires des chercheurs de demain. Cette année se distingue par l’intérêt croissant des participants aux iGEM à l’aspect éthique de leurs travaux. Avec la publication récente de la création du premier organisme « artificiel » par le groupe de Craig Venter, la thématique se place parfaitement dans le contexte de l’actualité.

Les iGEM ont vu le jour en janvier 2003 au Massachusetts Institute of Technology (MIT) : une option d’enseignement proposait aux étudiants de développer des systèmes biologiques qui faisaient « clignoter » des cellules. Un an plus tard, le cours s’était transformé en une compétition, devenue internationale en 2005 et dont le rayonnement ne cesse de croître (13 équipes en 2005, 112 équipes et plus de 1 700 participants venant du monde entier en 2009). Chaque année, des équipes d’étudiants prédoctorants issus de tous les domaines scientifiques et de formations diverses consacrent leur été à élaborer et concrétiser un projet qui consiste à créer des systèmes biologiques aux fonctions encore inexistantes à partir de micro-organismes et de cellules dans lesquels sont assemblées des « bio-briques » fournies par le MIT. Drew Endy est l’un des créateurs du registre de ces composants biologiques standardisés (Registry of standard biological parts) du MIT : ce jeune « synthenthousiaste », comme l’appellent certains de ses détracteurs, passionné depuis l’enfance par les innombrables agencements des briques Lego, a conçu une impressionnante collection de plasmides, séquences codantes, promoteurs et amorces. Cette collection fonctionne sur le simple principe du « get some, give some » : n’importe qui a le droit de se servir dans cette collection à condition d’y inclure en retour les nouvelles constructions obtenues. C’est dans ce catalogue de « bio-briques » ou biobricks que puisent les étudiants du monde entier qui bricoleront à volonté de nouveaux organismes avant de s’affronter lors de la grande finale des iGEM au MIT, qui a lieu à l’automne à Cambridge.

Les projets des iGEM concernent en général les domaines de la santé ou de l’environnement : ainsi, en 2009, une équipe australienne a appris à des bactéries à reconnaître le mercure, des étudiants colombiens s’en sont servis pour dégrader des pesticides, et plusieurs équipes ont essayé d’envoyer des bactéries à la chasse aux cellules cancéreuses. L’équipe japonaise d’Osaka fait toutefois exception à la règle avec un projet plus artistique : leurs Salmonella s’assemblent en dessinant des mandalas² dans des boîtes de Petri !

Le grand gagnant de l’année 2009 est l’équipe de Cambridge qui a conçu et caractérisé deux nouveaux outils pour fabriquer des biosenseurs précis, faciles à utiliser et, qui plus est, écologiques. Le projet E. chromi consistait à transformer des souches de colibacilles en de petites machines à trois composants essentiels : un détecteur sous forme de promoteur sensible à un paramètre de l’environnement (pH, concentration, etc.), une construction capable d’ajuster la réponse au niveau de sensibilité désiré et une réponse sous forme de production d’un pigment³.

En deuxième position, l’équipe allemande de Heidelberg a su attirer l’attention de Drew Andy - ce n’est pas surprenant puisque les étudiants ont décidé d’ajouter à son catalogue de composants standardisés une rubrique « cellules de mammifères » en caractérisant les promoteurs connus et en développant un programme informatique capable de prédire l’efficacité d’un promoteur inconnu⁴.

L’équipe de Valence (Espagne) n’a pas seulement fabriqué un écran biologique - dont chaque pixel est une levure capable de répondre à un stimulus électrique par l’émission de lumière^11, - mais elle a aussi, à l’occasion des iGEM, réuni dans un ouvrage intitulé Sins, ethics and biology, a comprehensive approach - téléchargeable sur leur site - la totalité des projets antérieurs des iGEM, des entretiens avec des experts du domaine (Marcus Schmidt et Antoine Danchin^12,) et un sondage à grande échelle auprès des autres équipes¹³. La présentation, d’une qualité remarquable, comporte la synthèse d’une cinquantaine d’articles et de nouvelles traitant de la biologie synthétique et de ses implications éthiques publiés dans des journaux spécialisés, et des travaux effectués par les participants des iGEM entre 2005 et 2008. D’autre part, l’équipe a effectué un sondage (1 288 participants, le plus important à ce jour) sur la biologie synthétique, confrontant d’une part les personnes « informées », en l’occurrence les participants des iGEM 2009, et d’autres « non informées » parmi les scientifiques ou non-scientifiques, qui ont été contactés via des sites internet connus ou des réseaux sociaux, notamment Facebook. Leur questionnaire va de la définition de la biologie synthétique aux questions critiques et fondamentales, par exemple : « En supposant que l’homme soit capable de créer une vie artificielle, en avons-nous le droit ? » et « À quel point la biologie synthétique est-elle dangereuse ou bénéfique ? », sans omettre la question de la brevetabilité des outils génétiques. Les résultats, longuement discutés dans le travail, nous révèlent quelques aspects de la vision actuelle des ingénieurs du vivant. La question du droit à la création de la vie est notamment controversée : 63 % des participants au sondage estiment que oui, l’homme peut produire des créatures artificielles (66 % des informés, 57 % des non-informés), 26 % que non et 11 % s’estiment incapables de répondre à la question compte tenu d’implications morales et religieuses. Les étudiants de Valence concluent que la définition exacte de la biologie synthétique est encore mal connue par les non-scientifiques et que les opinions concernant la propriété intellectuelle et la création de la vie reposent sur des convictions acquises très tôt et peu modifiables. Ils prônent en conséquence une meilleure dissémination de l’information dans ce domaine auprès du grand public. Mais revenons à nos deux équipes françaises qui ne sont pas non plus passées à côté de la nouvelle tendance, bien au contraire.

L’équipe SupBiotech-Paris a organisé à cette occasion un débat éthique intitulé « Les enjeux de la biologie synthétique, état des lieux, état d’esprit » le 9 octobre 2009, motivée par deux constats : « l’émergence et le développement rapide de [la biologie synthétique] nécessitent une réflexion, afin de mettre en place un système de réglementation prêt dans les 5 à 10 ans pour des pratiques sûres » et « c’est la première fois que l’homme est confronté à la possibilité de créer de nouvelles formes de vie » (François Le Fèvre). Parmi les invités figuraient des noms célèbres tels que Bernard Baertschi, maître d’enseignement et de recherche à l’Institut d’éthique biomédicale et au département de philosophie de l’Université de Genève, Willy Rozenbaum, le codécouvreur du virus du VIH (virus de l’immunodéficience humaine), Thierry Magnin, docteur en théologie et professeur de physique de l’École des Mines de Saint-Étienne, Lluis M. Mir, directeur de recherche au CNRS et François Le Fèvre, chercheur au Commissariat à l’énergie atomique (CEA). Les vidéos et une synthèse soigneuse du débat peuvent être consultées sur le site de l’équipe¹⁴. Les thématiques abordées peuvent être classées en deux grandes catégories : les réflexions d’ordre métaphysique et les problèmes pratiques liés à l’application de la biologie synthétique. En tête dans la première figure la question de la finalité de la biologie synthétique : un désir d’amélioration et de perfection du vivant ? « Comment pourrait-on s’en passer si on veut aller vers une amélioration de la condition humaine ? » demande Willy Rozenbaum. Suit le problème de la représentation du vivant que Thierry Magnin exprime à merveille avec la phrase « Comment puis-je reconnaître une certaine dignité du Vivant si tout est fabriqué par blocs ? ». Il est certain que la science procède depuis toujours et sans scrupules à une démystification de la vie, depuis qu’en 1809 Lamarck a mis fin au théorème du vitalisme de Platon et Aristote en affirmant dans sa Philosophie zoologique que la vie, aussi compliquée soit-elle, était un phénomène purement physique. Pour Thierry Magnin, le risque réside dans l’aspect quelque peu ludique de la biologie synthétique (avec une pensée pour les briques Lego de Drew Endy) : « Ce avec quoi j’ai l’habitude de jouer, j’ai souvent un peu de mal à le respecter ». L’homme est naturellement curieux, saura-t-il vraiment s’imposer des limites ?

Côté pratique, les étudiants ont surtout planché sur la question de la propriété intellectuelle et du dilemme entre la menace de bioterrorisme que pourrait faciliter un libre accès au savoir et le risque de ralentir l’innovation en permettant de breveter les « briques » biologiques, voire les organismes créés synthétiquement. Cela dit, la majorité des élèves de SupBiotech interrogés par leur équipe iGEM s’est prononcée en faveur des brevets. Quant à la question de savoir si nous serons en mesure de contrôler les systèmes créés, les avis divergent. La moitié des élèves croient l’homme capable de contrôler le vivant et 32 % estiment que nous ne maîtriserons pas la propagation des organismes créés.

Dans le cas de l’équipe Paris, l’initiative venait de l’extérieur. Plus précisément, elle venait d’une jeune étudiante de l’École des hautes études en sciences sociales (EHESS). Sara Aguiton, âgée de 23 ans, est étudiante en master 2 de recherche au Centre Alexandre Koyré en sociologie et histoire des sciences et des techniques, sous la direction de Dominique Pestre. Titulaire d’une licence de philosophie acquise a la Sorbonne, elle consacre son travail de mémoire à l’étude anthropologique et sociologique de la biologie synthétique. Les iGEM 2009 représentaient donc un sujet d’étude idéal pour un stage facultatif, avec une quinzaine d’étudiants comme cobayes pour répondre à la question : comment se construit un projet scientifique de nos jours ? Sara avait contacté Ariel Lindner, encadrant de l’équipe Paris, au tout début de la session 2009, et elle assista à la naissance du projet et à sa mise en œuvre sur les ordinateurs et à la paillasse. Mais son travail était loin d’être contemplatif ; elle avait préparé tout un arsenal d’entretiens individuels, de présentations et de réunions pour l’équipe. Les thématiques abordées et le résultat des discussions ont été soigneusement détaillés dans un « cahier de manip éthique¹⁵ » et centrés autour de la question de la nécessité d’une approche éthique des sciences et en particulier de la biologie synthétique. En parallèle, Sara s’était chargée de la rédaction d’un rapport d’une cinquantaine de pages intitulé An ethical and sociological analysis on synthetic biology.

Ce travail remarquable a été estimé à sa juste valeur par le jury des iGEM 2009 qui lui a décerné le Prix spécial du jury pour les approches éthiques et sociales, événement qui a fait la une du journal Le Monde en novembre 2009¹⁶. Curieusement, la collaboration avec les étudiants n’était pas évidente comme nous l’a confié Sara lors de notre rencontre. Non qu’ils aient été réfractaires aux idées, mais les réactions restaient passives. Il était difficile de les motiver pour la discussion et la constitution du blog éthique, et leur commentaire sur la page de présentation des participants se résumait à « utilise des mots éthiques simples quand tu parles à un groupe de scientifiques, s’il te plaît ». Cette remarque met le doigt sur la plaie. En effet, les notions d’éthique dont dispose l’étudiant scientifique sont plus que vagues, faute d’enseignement dédié. La seule formation non scientifique solidement incorporée dans de nombreux parcours scientifiques est le management et la gestion d’entreprise. L’éthique et la philosophie des sciences sont, et encore quand elles existent, des options facultatives. Et supprimer les cours d’histoire-géographie en terminale scientifique n’arrangera certainement pas les choses… La tendance est de former des machines intellectuelles dépourvues de toute capacité de communication, réflexivité et attitude critique.

Pourtant, un étudiant de l’École des Mines a eu une illumination soudaine lors d’une discussion, raconte Sara : auparavant il ne s’était guère rendu compte qu’un nombre non négligeable d’exercices de cours prenaient comme exemple la chute de bombes et les trajectoires de missiles. Anecdote triste mais vraie qui pose la question fondamentale de la responsabilité de la science mais qui démontre aussi à quel point l’abstraction mathématique constitue un filtre devant les problèmes.

L’auteur déclare n’avoir aucun conflit d’intérêts concernant les données publiées dans cet article.