La faune sauvage possède un très large spectre d’agents infectieux dont certains peuvent occasionner des zoonoses. Dans le cas des virus, ces zoonoses peuvent être à l’origine d’émergences entraînant des pathologies sévères chez l’homme, avec des impacts sanitaires et économiques considérables, comme l’épidémie de maladie à virus Ebola d’une ampleur inédite qui a récemment frappé l’Afrique de l’Ouest [1]. Mais comment définit-on un virus émergent et peut-on anticiper la survenue de ces épidémies ?
La définition la plus commune est celle de l’émergence d’un virus précédemment inconnu. Le VIH (virus de l’immunodéficience humaine) en est l’un des exemples les plus notables, à l’origine d’une des plus larges pandémies de l’histoire. Plus récemment, deux nouveaux membres de la famille des Coronavirus1, le SARS-CoV (severe advanced respiratory syndrome coronavirus) [2] et le MERS-CoV (middle east respiratory syndrome coronavirus), ont été identifiés comme étant à l’origine des maladies respiratoires sévères qui ont touché la Chine en 2003 et l’Arabie saoudite en 2012. Mais un virus déjà connu peut aussi donner lieu à une émergence, en touchant une région géographique jusqu’alors indemne, à l’instar du virus West Nile (virus du Nil occidental) [3, 4], un membre de la famille des Flavivirus2,, identifié en 1937 en Ouganda et qui réapparaît régulièrement dans différentes zones géographiques, de la récente épidémie de maladie à virus Ebola en Afrique de l’Ouest, et même de l’apparition de cas autochtones d’infections par le virus Chikungunya3 [5] ou celui de la dengue4, en France métropolitaine. L’augmentation importante de l’incidence d’une infection virale constitue également une émergence, ce qui a été le cas pour les épidémies de fièvres hémorragiques à Filovirus5 fréquemment observées en Afrique Centrale au cours des deux dernières décennies. Enfin, l’apparition de nouvelles souches de virus déjà connus présentant une pathogénicité différente doit aussi être considérée, comme cela est illustré par les souches grippales hautement pathogènes.
L’origine de ces épidémies est souvent associée à des épisodes zoonotiques provoquant l’apparition, chez l’homme, d’un virus habituellement hébergé par des animaux sauvages ou domestiques. Ce franchissement de la barrière d’espèce est souvent associé à une pathogénicité différente de celle observée chez l’animal. La transmission peut se faire soit directement depuis l’espèce réservoir vers l’homme, soit via des espèces intermédiaires. Ces deux modes de transmission peuvent survenir de façon non exclusive, comme le démontrent les récentes épidémies d’infection par le virus Nipah6, un virus hautement pathogène chez l’homme, qui est transmis directement de la chauve-souris, son réservoir naturel, à l’homme via la consommation de lait de palme, et aussi de façon indirecte, via des porcs infectés. Il en est de même pour le virus Ebola, dont les épidémies sont dues à une transmission directe à l’homme depuis la chauve-souris ou par l’intermédiaire des grands singes, chimpanzés et gorilles, eux-mêmes hôtes accidentels de ce virus. La diffusion d’un virus dans la population humaine peut impliquer des processus d’adaptation pour lui permettre (1) d’infecter des cellules humaines, en se spécialisant parfois pour un tissu particulier, (2) de se propager au sein de l’organisme et, enfin, (3) de se disséminer efficacement dans la population, propriété essentielle pour acquérir un caractère épidémique, voire pandémique.
L’étude des mécanismes permettant au virus de s’adapter à l’espèce humaine revêt donc un intérêt tout particulier, non seulement pour prévenir l’émergence de nouvelles épidémies en développant des outils de lutte antivirale spécifiques, mais aussi pour comprendre les processus adaptatifs d’un virus à son hôte, en relation avec le développement de son pouvoir pathogène. En effet, dans bon nombre d’exemples connus à ce jour, des virus très pathogènes chez l’homme le sont beaucoup moins, voire pas du tout, chez leur espèce réservoir. C’est le cas des virus Ebola et Nipah chez la chauve-souris, espèce animale connue pour être le réservoir de nombreux virus [6, 7], ou des Arénavirus7 chez les rongeurs. Afin de comprendre comment ces propriétés évoluent lors du passage chez l’homme, il est crucial d’identifier les facteurs de l’hôte réservoir qui le protègent contre la pathogénie virale et qui permettent au virus de se maintenir à long-terme dans ces animaux. Au-delà de ces analyses moléculaires, l’identification des séquences virales présentes chez des espèces réservoir peut aussi servir à dessiner l’histoire naturelle d’un virus et à identifier de nouveaux agents à risque pour l’homme [8]. Les technologies récentes de détection des séquences virales au sein des tissus animaux, par capture de séquences nucléiques spécifiques et séquençage à haut débit ont permis de dynamiser la recherche d’agents infectieux chez des espèces réservoir comme la chauve-souris. Traditionnellement réservées aux virus à ARN, dont le taux de mutation est important à cause à des infidélités des ARN polymérases virales, ces recherches s’étendent aujourd’hui aux virus à ADN. C’est ce dont témoigne la revue de synthèse de F. Loustalot et collaborateurs dans ce numéro de médecine/sciences [9] (→) ou les récentes études réalisées pour identifier des virus de l’hépatite B chez la chauve-souris.
(→) Voir la Synthèse de F. Loustalot et al., page 1102 de ce numéro
On peut prévoir que ces recherches vont se développer dans les années à venir. En effet, bien que des maladies émergentes dues à des virus aient régulièrement jalonné l’histoire humaine, on observe depuis les dernières décennies une amplification de ces phénomènes. Les mouvements de populations, la modification des écosystèmes des espèces réservoir à la suite de changements climatiques ou induits par l’homme sont autant de facteurs à l’origine de l’accroissement des risques zoonotiques. Il ne reste qu’à souhaiter que les agences de financement nationales, européennes et internationales donneront les moyens aux chercheurs de relever ce défi, sans attendre qu’une nouvelle émergence défraie la chronique.
