L’apophénie d’ENCODE ou Pangloss examine le génome humain

Abstract

En septembre 2012, les principaux résultats du projet ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) furent publiés sous la forme de 30 articles, dont une grande partie dans les deux plus prestigieuses revues scientifiques généralistes Nature et Science. Ce projet, qui avait mobilisé des centaines de chercheurs et des centaines de millions de dollars, avait permis de renverser un des paradigmes les mieux établis portant sur l’évolution des génomes : notre génome ne compterait pas 80 % d’ADN « poubelle » mais il serait au contraire à 80 % utile. Il ne restait plus qu’à savoir à quoi ! Dans le microcosme de la biologie évolutive, il y eut quelques réactions amusées, voire agacées, face à cette revitalisation d’un adaptationnisme naïf. Des réfutations argumentées furent publiées, mais qui ne pouvaient rivaliser avec la publicité faite à ENCODE. En 2014, une nouvelle série d’articles présentaient les avancées récentes du projet. Étonnamment, on n’y trouvait plus aucune trace de l’extraordinaire découverte de 2012, sans que cette « disparition » d’un résultat majeur ne soit commentée. Une forme de rétractation par omission sans doute. Mais le mal était fait, l’affirmation « 80 % d’ADN utile » d’ENCODE est désormais intégrée par de nombreux biologistes comme le nouveau cadre d’étude des génomes, ou pour le moins comme une hypothèse alternative valable. Il nous semble donc indispensable de rappeler quelques concepts généraux qui expliquent l’architecture et le fonctionnement des génomes, concepts qui, à ce jour, n’ont pas été réfutés et qui permettent d’éviter l’écueil que représente l’approche panglossienne d’ENCODE.

In September 2012, a batch of more than 30 articles presenting the results of the ENCODE (Encyclopaedia of DNA Elements) project was released. Many of these articles appeared in Nature and Science, the two most prestigious interdisciplinary scientific journals. Since that time, hundreds of other articles dedicated to the further analyses of the Encode data have been published. The time of hundreds of scientists and hundreds of millions of dollars were not invested in vain since this project had led to an apparent paradigm shift: contrary to the classical view, 80% of the human genome is not junk DNA, but is functional. This hypothesis has been criticized by evolutionary biologists, sometimes eagerly, and detailed refutations have been published in specialized journals with impact factors far below those that published the main contribution of the Encode project to our understanding of genome architecture. In 2014, the Encode consortium released a new batch of articles that neither suggested that 80% of the genome is functional nor commented on the disappearance of their 2012 scientific breakthrough. Unfortunately, by that time many biologists had accepted the idea that 80% of the genome is functional, or at least, that this idea is a valid alternative to the long held evolutionary genetic view that it is not. In order to understand the dynamics of the genome, it is necessary to re-examine the basics of evolutionary genetics because, not only are they well established, they also will allow us to avoid the pitfall of a panglossian interpretation of Encode. Actually, the architecture of the genome and its dynamics are the product of trade-offs between various evolutionary forces, and many structural features are not related to functional properties. In other words, evolution does not produce the best of all worlds, not even the best of all possible worlds, but only one possible world.