Le microbiome pulmonaire en 2015 : Une fenêtre ouverte sur les pathologies pulmonaires chroniques

Abstract

Jusqu’à récemment, les voies aériennes inférieures étaient considérées comme stériles mais l’avènement des techniques de séquençage à haut débit a permis de mettre en évidence l’existence d’une flore polymicrobienne, bactérienne, virale ou fongique, constituant le microbiome pulmonaire. De multiples questions restent néanmoins en suspens, notamment en ce qui concerne le rôle de ce microbiome, ses interactions avec l’hôte, mais aussi avec les pathogènes de l’environnement. Même si les données sont encore limitées, des liens ont déjà été démontrés entre ce microbiome et de nombreuses pathologies respiratoires chroniques (asthme, broncho-pneumopathie chronique obstructive ou mucoviscidose). Il jouerait un rôle à la fois dans leur genèse et leur évolution et pourrait ainsi représenter un axe de recherche novateur.

Recent development of high-throughput sequencing methods has shown that the human respiratory tract (including lower airways) is not sterile as formerly thought, but composed of a previously unappreciated complex microbial community referred as the lung microbiome and composed of bacteria, viruses and fungi. However, many questions remain unresolved, especially in terms of lung microbiome role, its interactions with host but also with environmental pathogens. Although data are still limited, links have already been demonstrated between lung microbiome and chronic respiratory diseases (such as asthma, chronic obstructive pulmonary disease or cystic fibrosis). This lung microbiome appears to play an important role both in disease genesis and evolution, and consequently offers an emerging research field.