Alors qu’il s’agit d’un commensal parmi les plus fréquents de notre flore normale, Staphylococcus aureus est un pathogène redoutable qui a su développer des résistances à chaque nouvel antibiotique introduit depuis un demi-siècle. La plasticité de son génome lui confère la capacité de s’adapter à toutes les conditions environnementales, et notamment d’acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques et de développer des mécanismes de régulation pour s’adapter à des concentrations croissantes d’antibiotiques. Ainsi, dès 1941 sont apparus les staphylocoques résistants à la pénicilline, grâce à l’acquisition d’une pénicillinase plasmidique, enzyme dégradant la pénicilline. La résistance à la pénicilline, initialement restreinte au milieu hospitalier, a très vite diffusé en milieu communautaire et concerne actuellement plus de 90 % des souches de S. aureus. Pendant les années 1950 sont apparues les souches de S. aureus multirésistantes : à la résistance à la pénicilline était associée la résistance à la streptomycine, à l’érythromycine, à la tétracycline, au chloramphénicol ainsi qu’aux sulfamides. L’introduction en 1959 de la méticilline, dérivé semi-synthétique de la pénicilline, pour le traitement des infections staphylococciques a soulevé un grand espoir. Mais à peine un an plus tard, les premières souches hospitalières de S. aureus résistantes à la méticilline (SARM) sont apparues dans un hôpital de Grande-Bretagne [ 1]. Le secret de ce pouvoir d’adaptation a été partiellement percé par le séquençage du génome de S. aureus effectué par les équipes de Baba et d’Hiramatsu [ 2]. Le génome de S. aureus est formé de deux domaines fonctionnels distincts. La majeure partie du chromosome contient les gènes qui assurent la maintenance de la bactérie. La deuxième partie du génome est constituée d’éléments génétiques accessoires et mobiles comme des plasmides, transposons, prophages ou des îlots de pathogénie portant la plupart des gènes associés à des facteurs de virulence et à la résistance aux antibiotiques [ 3, 4] (Figure 1). Ainsi, en dehors des mutations spontanées, S. aureus diversifie son génome grâce aux échanges de matériel génétique avec d’autres espèces bactériennes par des phénomènes de transfert horizontal de gènes. Le phénotype de résistance, comme le profil patho génique, semble donc bien être déterminé par les combinaisons de ces éléments génétiques accessoires portés par le chromosome.

Figure 1 Génome de S. aureus-souche N315 résistante à la méticilline et souche Mu50 de sensibilité diminuée à la vancomycine. Les éléments spécifiques à Mu50 (96 % d’homologie avec la N315) sont représentés au-delà du cercle extérieur. Les éléments génétiques mobiles sont représentés au niveau du cercle extérieur : la cassette SCCmec, en jaune ; le transposon Tn554, en bleu clair ; les phages et îlots de pathogénie, en rouge ; les séquences d’insertion IS1181, en marron (adapté de [2]).

Figure 1 Génome de S. aureus-souche N315 résistante à la méticilline et souche Mu50 de sensibilité diminuée à la vancomycine. Les éléments spécifiques à Mu50 (96 % d’homologie avec la N315) sont représentés au-delà du cercle extérieur. Les éléments génétiques mobiles sont représentés au niveau du cercle extérieur : la cassette SCCmec, en jaune ; le transposon Tn554, en bleu clair ; les phages et îlots de pathogénie, en rouge ; les séquences d’insertion IS1181, en marron (adapté de [2]).

Les premiers cas d’infection à SARM ont été rapportés il y a plus de trente ans et revêtaient un caractère nosocomial, l’acquisition de SARM étant liée à une hospitalisation récente ou à l’exposition prolongée et récurrente aux antibiotiques. Néanmoins, depuis les années 1990, les infections à SARM se sont multipliées chez des patients n’ayant aucun facteur de risque traditionnel d’acquisition de SARM : il s’agit des infections à SARM-C [3]. Les souches de SARM isolées dans ce contexte ont des caractéristiques permettant de les différencier de souches SARM associées au milieu hospitalier ; notamment, le SARM-C majoritaire en France présente un profil caractéristique de résistance aux antibiotiques (résistant à la pénicilline, à l’oxacilline, à la kanamycine, à la tétracycline et de sensibilité intermédiaire à l’acide fusidique) permettant une identification rapide par tout laboratoire de bactériologie [ 14].

En plus de la cassette SCCmec le plus souvent de type IV ou V, les souches de SARM-C présentent une autre particularité, un facteur de virulence rarement retrouvé dans d’autres souches de S. aureus, la leucocidine de Panton Valentine (PVL) [ 32]. La PVL appartient à la famille des toxines synergo-hyménotropes ayant un tropisme pour les membranes cellulaires sur lesquelles elles agissent par l’action synergique de deux composés protéiques [ 15]. Ces deux composés protéiques indépendants (composés S et F) s’associent à la surface de la membrane des polynucléaires neutrophiles humains pour former des pores. Le locus luk-PV porté par le phage phiSLT est constitué d’un seul opéron qui contient deux gènes, lukS-PV et lukF-PV, codant les protéines LukS-PV et LukF-PV. La PVL exerce des activités cytotoxiques au niveau des leucocytes humains en induisant la libération progressive de médiateurs pro-inflammatoires (leucotriène B4, interleukine 8 et histamine), ce qui conduit à la formation de foyers d’infiltration et de nécrose tissulaire [ 16]. Alors que la PVL a été purifiée en 1960, l’intérêt pour cette toxine a été relancé récemment, d’une part à la suite de la description d’infections très sévères dues à des souches sensibles ou résistantes à la méticilline sécrétant la PVL (pneumonies nécrosantes, infections nécrosantes sévères de la peau et des tissus mous, infections ostéo-articulaires graves) [ 17], et d’autre part en raison de l’émergence mondiale de souches SARM-C dans lesquelles la présence des gènes codant la PVL est quasi pathognomonique [ 18].

Bien que la diffusion des souches SARM-C soit mondiale, leur distribution n’est pas géographiquement uniforme. La situation la plus alarmante prévaut actuellement aux États-Unis, où la proportion de SARM-C représente en moyenne 59 % des S. aureus isolés des infections de la peau et de tissus mous d’origine communautaire. Une situation similaire a été rapportée en Afrique du Nord, où la prévalence des SARM-C est de 48,8 %. En Europe, la distribution n’est pas uniforme : il existe des pays à faible diffusion, tel le Royaume-Uni avec moins de 2 % de SARM isolés dans les infections communautaires à S. aureus, mais aussi des pays à forte diffusion telle la Grèce avec 75 % de souches de SARM circulant dans la communauté. Pour résumer la situation mondiale, la diffusion de SARM-C est hétérogène mais avec une tendance générale à l’augmentation. En France, où la prévalence de ces SARM-C est faible, 3,6 % dans la dernière étude disponible, on retrouve majoritairement le clone ST80 (désigné par l’analyse MultiLocusSequenceType) caractérisé par son profil particulier de résistance aux antibiotiques le rendant reconnaissable par des techniques simples [ 19]. On peut également signaler la diffusion d’un autre clone de SARM à la fois communautaire et hospitalier - clone Géraldine -, caractérisé par une cassette de résistance à la méticilline SCCmec type I tronquée, un phénotype de résistance aux antibiotiques caractéristique (résistant à la pénicilline, à l’oxacilline, à la kanamycine, à la tobramycine, et de sensibilité intermédiaire à l’acide fusidique). Il possède le gène codant la toxine du choc toxique staphylococcique (TSST-1) et non pas la PVL. Ces souches de SARM sont responsables d’infections suppuratives et toxiniques [ 20].

S. aureus est un pathogène dont le fort pouvoir d’adaptation permet la survie grâce à l’acquisition successive de gènes de résistance aux antibiotiques, de mécanismes de régulation de la croissance en présence d’antibiotiques et de facteurs de virulence particuliers. Certains de ces aspects semblent intriqués et leur complexité n’est, à ce jour, pas résolue. La vigilance des cliniciens et microbiologistes est requise afin de signaler l’émergence de phénomènes épidémiologiques nouveaux, ainsi que de veiller au respect des consignes de prévention et à l’utilisation judicieuse des antibiotiques, tant en milieu hospitalier que dans la communauté.

Les auteurs déclarent n’avoir aucun conflit d’intérêts concernant les données publiées dans cet article.