Les pays développés ou « occidentalisés » sont à forte incidence et prévalence de MICI. Le régime alimentaire « occidental » (riche en graisses et en protéines et pauvre en fibres) prédominant dans les pays de sur-incidence de MICI, peut perturber la microflore intestinale. Les migrants en provenance de pays à faible incidence de MICI pourront présenter un risque accru de développer des MICI lorsqu’ils auront adopté les attitudes alimentaires « occidentales ».

Certains aliments ont été associés aux MICI. Ils incluent la viande, les graisses, les huiles, la confiserie, et la restauration rapide. Les fibres, les fruits et les légumes ont quant à eux, un rôle de protection contre le développement de ces maladies (Figure 2B). Les régimes riches en saccharose, glucides raffinés, et acides gras oméga-6 polyinsaturés associés à un régime à faible teneur en fruits et légumes conduisent à un risque accru de développer une MICI, en particulier la MC [8]. De même, un risque deux fois plus important de développer une MC a été observé lors de la consommation excessive de sucres et édulcorants, de bonbons, de graisses et d’huile, et de matières grasses totales [3].

Le régime alimentaire « occidentalisé », riche en graisses et glucides, favorise l’expansion de pathobiontes^1, dans le tractus gastro-intestinal, ce qui conduit à une diminution de la représentation des bactéries commensales. Les pathobiontes émergents, de par leur métabolisme, exposent ainsi l’hôte à des constituants néfastes qu’ils produisent (comme le sulfure d’hydrogène) et réduisent des produits bénéfiques produits par les autres bactéries comme les acides gras à chaînes courtes (AGCC). Ils induisent également une réponse immunitaire, provoquant la production de cytokines pro-inflammatoires par les cellules présentatrices d’antigènes (IL[interleukine]-12p40^2,) et les lymphocytes T (IFN[interféron]-gamma) augmentant ainsi l’inflammation intestinale [8]. Une association entre MC et consommation importante en graisses totales, en acides gras monoinsaturés et saturés a également été observée. Ce régime alimentaire modulerait la réponse inflammatoire en interférant avec les TLR (toll-like receptor) exprimés par les macrophages [3].

L’ingestion de nourriture raffinée, contenant des microparticules, est typique du régime alimentaire « occidental ». Des microparticules comme le dioxyde de titane et le silicate d’aluminium peuvent agir comme des transporteurs d’antigènes de la lumière intestinale vers la muqueuse. Une relation entre la présence de ces microparticules et la MC a été évoquée bien que cela reste controversé [10].

À l’inverse du régime « occidentalisé », une consommation élevée en fibres alimentaires, en fruits et en légumes a un effet protecteur dans les MICI. Le mécanisme par lequel les fruits et les légumes confèrent une protection contre la maladie serait en lien avec leur capacité de modifier l’activité des enzymes^3, impliquées dans l’élimination des espèces réactives de l’oxygène (ROS) [3].

Le butyrate, produit par les bactéries, joue un rôle de régulateur sur le transport transépithélial de fluides. De faibles quantités de butyrate pourraient être impliquées dans l’initiation et/ou la perpétuation de l’inflammation. Le butyrate réduit l’inflammation des muqueuses et le statut oxydatif. Au niveau de l’intestin, il a un rôle essentiel : il entraîne une diminution du pH intraluminal, favorise le développement des bactéries commensales, est une source d’énergie pour les cellules du côlon, maintient la fonction de barrière épithéliale, et exerce des activités immunomodulatrices, anti-inflammatoires, et anticancéreuses. Il stimule les histone désacétylases (HDAC), des enzymes intervenant dans la régulation de la transcription, et l’activité des PPAR (peroxisome proliferator-activated receptor) qui inhibent les cytokines pro-inflammatoires et activent les cellules T régulatrices, par les récepteurs couplés aux protéines G (GPR) 43 et 109a [26] (→).

(→) Voir la Synthèse de A. Stetdman, et al., page 983 de ce numéro

Il régule également la production d’IL-10, réduit l’expression de cytokines liées au TNFα (tumor necrosis factor alpha), et inhibe l’IL-12, possiblement en interférant avec la voie de signalisation NF-kB (nuclear factor-kappa B) et l’expression de STAT-3 (signal transducer and activator of transcription 3) [9].

Certains aliments sembleraient donc bénéfiques, ou néfastes, au maintien de l’eubiose. Une alimentation déséquilibrée, riche en graisses et en sucres, pourrait conduire à une dysbiose intestinale et augmenter le risque de développer une MICI (Figure 2B).

La perte de microbes bénéfiques, et par conséquent des produits qu’ils synthétisent, peut ainsi permettre l’émergence de microbes pathogènes qui, eux, produisent des métabolites présentant des effets négatifs sur l’intestin, en condition inflammatoire. Ainsi, les patients atteints de RCH ont, dans leur microbiote intestinal, des taux élevés de bactéries réduisant le soufre et de bactéries tolérant la bile, avec une augmentation concomitante de la production de substances toxiques comme le sulfure d’hydrogène qui a une activité pro-inflammatoire [11].

Le risque de MICI peut être augmenté après une rupture aiguë de l’eubiose. Deux principaux mécanismes peuvent induire une perturbation soudaine de la microflore normale : une infection gastro-intestinale aiguë (IGA) ou une antibiothérapie (même pour le traitement d’une infection extra-intestinale) (Figure 2C).

L’hypothèse de l’hygiène est définie comme une exposition insuffisante, durant l’enfance, à des agents infectieux. Elle favoriserait le développement des MICI (Figure 2D). Cette hypothèse propose que la fréquence croissante des troubles immunologiques de l’adulte que l’on observe actuellement puisse être attribuée à un manque d’exposition dans l’enfance à une grande variété de microorganismes. L’amélioration de l’assainissement et de l’hygiène (disponibilité de l’eau potable filtrée et de l’eau chaude, hygiène domestique et conditions sanitaires alimentaires) vécue par l’enfant, peut ainsi conduire au développement, plus tard dans la vie, d’une réponse immunologique vis-à-vis de nouveaux antigènes (lors d’une infection par exemple) qui est inappropriée [3]. Vivre en milieu urbain (versus en milieu rural), et avoir un statut socio-économique élevé seraient également des facteurs de risque de développer une MICI. L’association entre MICI et hypothèse de l’hygiène pourrait provenir de l’absence d’éducation du système immunitaire à devenir tolérant aux microorganismes faute d’avoir été exposé à des organismes variés [3].

L’allaitement maternel peut réduire le risque de développer une MICI. Il est important pour l’acquisition de la tolérance orale à la microflore et aux antigènes alimentaires. Le mécanisme par lequel l’allaitement peut avoir un effet bénéfique est sans doute multifactoriel. À noter que les préparations pour nourrissons, contrairement au lait maternel, ne contiennent pas de lactoferrine, une glycoprotéine ayant des activités antibactériennes, antivirales, et anti-inflammatoires [3].

Des anticorps anti-levures, mis en évidence par des tests utilisant des antigènes glycaniques isolés de la levure Saccharomyces cerevisiae (ASCA), sont détectés chez 50 à 60 % des patients présentant une MC et, de façon intéressante, chez 20 à 25 % des membres sains de leur famille. Candida albicans, une levure commensale du tube digestif de l’homme, peut induire la production de ces anticorps ASCA, l’antigène reconnu étant partagé par les deux levures. C. albicans est également retrouvé plus souvent dans les selles de patients atteints de MC (44 %) et dans celles des membres sains de leur famille (38 %) que chez les témoins (22 %) [16, 27] (→).

(→) Voir la Synthèse de B. Sendid, m/s n° 5, mai 2009, page 473

Cette levure est aussi à l’origine de dérèglements de la réponse immunitaire pro-inflammatoire qui la rendent aberrante [17].

Listeria monocytogenes est un pathogène d’origine alimentaire responsable de la listériose, une infection souvent fatale évoluant en septicémie et méningite (surtout chez le nouveau-né). Des observations récentes indiquent que cette bactérie peut être responsable, chez la personne immunocompétente, d’une inflammation de la muqueuse évoluant en gastro-entérite fébrile. L. monocytogenes peut pénétrer soit directement la muqueuse par l’entérocyte, soit indirectement, via les plaques de Peyer [18].

Les bactéries du groupe MAP induisent, chez les ruminants, une entérocolite granulomateuse chronique qui présente une histologie similaire à celle observée dans les MICI. Son évolution temporelle est également semblable à celle des MICI. Ces bactéries ont été retrouvées avec une fréquence augmentée chez des patients atteints de MC, mais son rôle précis reste très controversé [5].

Un sous-groupe de souches de Bacteroides fragilis, nommé ETBF (Bacteroides fragilis entérotoxinogène) sécrète une toxine de type métalloprotéase zinc-dépendante qui est pro-inflammatoire. Elle a été associée à des troubles diarrhéiques chez l’enfant et l’adulte. Ces souches ETBF ont été retrouvées chez près de 20 % des patients présentant une MICI cliniquement active [5].

Une grande variété de toxines, et d’autres enzymes protéolytiques, qui augmentent la perméabilité de la muqueuse et permettent la pénétration en profondeur des bactéries, sont produites par des souches de Bacteroides et de Clostridium. Ces bactéries présentent des facteurs de virulence qui sont nécessaires pour coloniser l’intestin, traverser la barrière épithéliale, interagir avec les macrophages, et induire la sécrétion de cytokines pro-inflammatoires par les cellules infectées et les macrophages [19]. Même si certaines de ces toxines s’accompagnent de signes cliniques spécifiques qui ne sont pas observés dans le cas de MC, elles peuvent néanmoins aggraver une inflammation chronique lorsqu’elles sont associées avec d’autres bactéries [20].

Escherichia coli est une espèce bactérienne à Gram négatif prédominant dans l’intestin de l’individu en bonne santé où elle participe à son l’homéostasie. Par l’acquisition de facteurs de virulence, elle peut devenir pathogène sous différentes formes appelées pathovars⁴ [21].

Les patients atteints de MICI sont colonisés avec une fréquence anormale par des souches d’E. coli présentant des capacités d’adhérence et d’invasion qui sont absentes chez les E. coli commensaux. Ces souches sont capables de s’adapter et de coloniser de nouvelles niches pour ainsi participer au processus pathologique et aggraver l’inflammation. Des souches d’E. coli isolées de la muqueuse intestinale de patients atteints de MC peuvent en effet adhérer massivement à la muqueuse et pénétrer l’entérocyte. Selon les caractéristiques pathogéniques de ces souches, un nouveau pathovar, nommé AIEC pour E. coli adhérent et invasif, a été désigné. Ces souches sont retrouvées au niveau de l’iléon de 36,4 % des patients avec MC contre seulement chez 6 % des témoins [22]. Elles adhèrent à l’entérocyte via des interactions qui impliqueraient les pili de type 1⁵ et CEACAM6 (carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6) qui est anormalement exprimé au niveau de la muqueuse iléale en cas de MC.

La prévalence des AIEC dans la MC pourrait provenir de l’incapacité de la muqueuse intestinale à contrôler la colonisation par la bactérie, liée sans doute à un défaut de fonction des cellules de Paneth et de sécrétion des peptides antimicrobiens. Cette perte de contrôle pourrait également être liée à des défauts touchant les processus d’autophagie qui limitent la multiplication des microorganismes intracellulaires, des mutations des gènes impliqués dans ce mécanisme tels que NOD2 (nucleotide-binding oligomerization domain 2), ATG16L1 (autophagy related 16 like 1) ou IRGM (immunity-related GTPase M), étant fréquemment retrouvées chez les patients [22].