Vignette (Photo © Pixabay - Creative Commons).

Le NGS (Next-Generation Sequencing, Séquençage de Nouvelle Génération) a conduit depuis son avènement en 2005 à une révolution dans la dimension des analyses génétiques, par un changement majeur d’échelle des capacités de séquençage, avec de nombreuses applications initialement dans le domaine de la recherche, puis largement dans le domaine du diagnostic des maladies monogéniques hétérogènes [1].

Dans le cadre du second Plan National Maladies Rares (PNMR2 ; 2011-2014), les Laboratoires de Diagnostic Génétique des Centres Hospitaliers français ont été équipés progressivement en plateformes de NGS. L’implémentation du NGS dans les laboratoires hospitaliers français a permis l’intégration de ces analyses dans la démarche diagnostique pour de nombreuses pathologies génétiquement hétérogènes, dont les myopathies. Les analyses classiques par séquençage Sanger ont alors été progressivement remplacées par des approches NGS, majoritairement de type « panel de gènes » [1–3]. Néanmoins, en raison d’un manque initial de concertation des laboratoires sur le plan national, l’utilisation en routine diagnostique du NGS a rapidement été confrontée à des problèmes d’hétérogénéité à différents niveaux, notamment en termes de technologies utilisées (type de séquenceur), de listes de gènes analysées, de classification des variants identifiés, et d’intégration du NGS dans la démarche diagnostique. Ceci a conduit à une grande disparité dans l’offre diagnostique actuelle, complexifiant la visibilité pour les cliniciens prescripteurs (« Quelle prescription d’analyses génétiques pour quelle indication, et où puis-je envoyer l’échantillon de mon patient atteint de myopathie ? »).

Cette problématique a été abordée sur le plan national depuis 2015 dans le cadre de différentes Filières de Soin Maladies Rares, et en lien avec l’Association Nationale de Praticiens en Génétique Moléculaire (ANPGM), avec la constitution de commissions ou groupes de travail spécifiques. Ceci a permis d’initier des travaux d’homogénéisation nationale des analyses par NGS (Figure 1 ).

Figure 1. Vue d’ensemble des actions d’homogénéisation nationale des analyses par NGS dans la démarche diagnostique pour les myopathies. Le descriptif détaillé des actions nationales FILNEMUS et hors FILNEMUS réalisées depuis 2015 ou prévues est présenté dans le tableau. RCP : Réunions de Concertation Pluridisciplinaires ; NGS : Séquençage de Nouvelle Génération.

Figure 1. Vue d’ensemble des actions d’homogénéisation nationale des analyses par NGS dans la démarche diagnostique pour les myopathies. Le descriptif détaillé des actions nationales FILNEMUS et hors FILNEMUS réalisées depuis 2015 ou prévues est présenté dans le tableau. RCP : Réunions de Concertation Pluridisciplinaires ; NGS : Séquençage de Nouvelle Génération.

Dans le domaine des myopathies, le Sous-groupe Génétique Moléculaire de la Commission Outils diagnostiques de notre filière FILNEMUS a engagé différentes actions en ce sens, qui ont été présentées lors de la journée NGS-FILNEMUS en mars 2017 2017 (vidéos des présentations disponibles sur le site www.filnemus.fr). Par ailleurs, il est apparu rapidement que l’interprétation finale des résultats du NGS requiert une confrontation systématique aux données cliniques et paracliniques disponibles, dans l’idéal, lors d’une réunion de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) dédiée.

Nous avons souhaité présenter ici de manière synthétique, sous la forme d’un tableau détaillé (Tableau I), un point d’étape clair récapitulant les différentes actions, finalisées, en cours ou prévues, depuis 2015 pour une homogénéisation nationale des analyses par séquençage de nouvelle génération dans la démarche diagnostique pour les myopathies. Ces actions seront activement poursuivies en coordination avec les futures plateformes nationales de séquençage à très haut débit (Plan France Médecine Génomique 2025).

Les auteurs déclarent n’avoir aucun lien d’intérêt concernant les don- nées publiées dans cet article.

Les auteurs remercient vivement leurs collègues cliniciens et de laboratoire, ainsi que les membres du Sous-groupe Génétique Moléculaire de la Commission Outils Diagnostiques de FILNEMUS et des différents groupes de travail de l’ANPGM, pour leur implication dans l’homogénéisation nationale des analyses par NGS.