Une équipe de chercheurs (AP-HP, équipe AVENIR-ATIP- Inserm1, Inra2, UPMC3), dirigée par le Dr Harry Sokol, du service de gastro-entérologie et nutrition à l’Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, AP-HP, a utilisé une méthode de séquençage à haut débit pour montrer que le microbiote fongique était déséquilibré chez les patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), avec des différences en fonction du type de maladies et la topographie des lésions. La part fongique (composée de champignons et de levures) du microbiote n’a été à ce stade que très peu été étudiée malgré l'existence de nombreux indices le mettant en cause dans la survenue de ce type de maladies. Ces travaux ont été publiés en ligne dans la revue Gut le 4 février 2016