Connaissance du génome de Helicobacter pylori : implications pour la physiopathologie et la thérapeutique.

Abstract

La lecture linéaire de chacun des deux génomes publiés de Helicobacter pylori a permis de répondre à un certain nombre de questions relatives au pouvoir pathogène, au métabolisme, à l’organisation du génome et à l’expression des gènes de cette espèce bactérienne. Leur analyse comparative a révélé des propriétés uniques d’H. pylori et a mis en exergue l’extrême diversité de son génome. Mais c’est surtout en tant qu’outils que la disponibilité de ces séquences constitue un atout sans précédent pour le développement de recherches fondamentales ciblées (effets du fer, rôle des adhésines, variations antigéniques du LPS, des protéines de surface...), et pour élaborer des approches globales ou post-génomiques. C’est ainsi que l’étude de la diversité des souches isolées en clinique à l’échelle génomique a pu être envisagée, de même que l’expression différentielle des gènes en fonction des souches et de leur environnement. Enfin, cette information a aussi permis la mise en place de stratégies d’envergure visant à identifier de façon systématique des antigènes protecteurs et des cibles thérapeutiques.

Examination of the two genome sequences of H. pylori has already identified new putative virulence factors, unravelled basic metabolic pathways, and provided further information on genetic organisation and the regulation of gene expression. In the future, the genomes of these isolates will greatly facilitate research into specific areas of this bacteria's biology, such as iron regulation, the role of recently identified adhesins, and the relative importance of antigenic variation of LPS in vivo. It will also enable researchers to adopt a more global approach to the study of H. pylori and will allow: (1) examination of the genetic diversity of clinical isolates (gene polymorphism and diversity in genomic complement and organisation); (2) characterisation of differential gene expression of clinical isolates in relation to in vitro and in vivo conditions; (3) identification of genes essential for colonisation of the gastric mucosa. Finally, it already served for the development of systematic strategies to identify protective antigens for prophylactic or therapeutic vaccine development as well as for the search of essential and conserved targets for development of new drugs.