Le microbiote intestinal et la digestion des polysaccharides

Abstract

Le microbiote intestinal distal correspond à l’ensemble des micro-organismes, essentiellement des bactéries, qui résident habituellement dans le côlon. Cette population microbienne est caractérisée par une grande diversité taxonomique ; on estime à environ un millier le nombre d’espèces bactériennes distinctes pour un seul individu. L’étude de ce système microbien a brutalement accéléré ces dernières années grâce à l’avènement de techniques dites métagénomiques, qui s’affranchissent de la culture bactérienne et reposent sur le séquençage de l’ADN. En quelques années, le microbiote intestinal a fait l’objet de nombreuses études, aux résultats souvent contradictoires, qui tentent de corréler les variations de la population bactérienne à diverses pathologies. Cet article fait le point sur une des fonctions essentielles du microbiote intestinal : la digestion de l’immense diversité des polysaccharides de notre alimentation, que les enzymes de l’hôte ne peuvent digérer.

The distal gut microbiota corresponds to all the microorganisms, essentially bacteria, that reside commonly in the colon. The microbial population is characterized by a large taxonomical diversity, counting approximately a thousand distinct bacterial species for a single individual. The pace of investigations of this microbial system has greatly accelerated these last few years, fuelled by the advent of metagenomics techniques, which do not rely on bacterial cultivation, but utilize high throughput DNA sequencing. In just a few years studies of the intestinal microbiota have become fashionable, albeit with often contradictory results when attempting to correlate changes in microbial composition to diverse pathologies. The article focusses on one of the essential functions of the distal gut microbiota: the digestion of the immense variety of polysaccharides from our diet that enzymes of the host cannot breakdown.